На выделенной стене необходимо использовать Разделить элемент в местах планируемого проема:
У вырезанного участка убираем галочку Граница помещения:
Отменяем соединение у вырезанного участка. Жмем правой кнопкой мыши на точки построения и в меню жмём Отменить соединение:
Выравниваем границы стен инструментом Выровнять:
Выделяем наш участок и переходим на 3D вид и выставляем значение высоты проема Смещение снизу:
Соединяем стену инструментом Соединить:
Итог: корректное отображение проема на плане и 3D виде:
